Mapálann Delphy 100,000 seicheamh víreasach in aon lá

Nuair a scaipeann víreas nua, ba mhaith le heipidéimeolaithe a fháil amach conas a tháinig sé isteach, cá mhéad uair a tugadh isteach é, agus cé na cásanna atá ceangailte lena chéile. Tógann an gnáthchur chuige anailíseach, an fhíolaigineolaíocht Bhayeseach, ní crann ginealaigh víris amháin ach go leor crann inchreidte, rud a chaomhnaíonn an éiginnteacht cheart faoi stair ráige. Is í an fhadhb atá ann ná go raibh sé thar a bheith mall anailís den sórt sin a dhéanamh ar na mílte seicheamh ó ráig. I staidéar piarmheasúnaithe a foilsíodh in Nature an 16 Meán Fómhair, déantar cur síos ar Delphy, uirlis atá ceaptha an tranglam sin a laghdú go mór agus a rith taobh istigh de ghnáthbhrabhsálaí gréasáin.

Na difríochtaí a stóráil

Déileálann formhór na n-uirlisí fíolaigineacha le gach géanóm mar shreang iomlán litreacha géiniteacha, agus cuirtear iad go léir i gcomparáid ón tús ag gach céim den anailís. Le linn ráige, áfach, bíonn na cóipeanna den víreas atá i gcúrsaíocht an-chosúil go géiniteach lena chéile. Baineann Delphy leas as an gcosúlacht sin. Úsáideann sé struchtúr ar a dtugtar crann sainráite a bhfuil sócháin anótáilte air, rud atá cosúil le comhad staire leaganacha: in áit gach cáipéis iomlán a shábháil, ní thaifeadtar ach na hathruithe idir leaganacha. Tuairiscítear i bpáipéar teicniúil gaolmhar a foilsíodh in Genetics gur féidir leis an léiriú seo feabhsuithe suas le 1,000 uair ar éifeachtúlacht staitistiúil a bhaint amach nuair nach mbíonn mórán suíomhanna éagsúil idir na seichimh. Is cuid amháin de dhearadh Delphy an éifeachtúlacht sin, agus oibríonn sí i gcomhar le gnáthaimh ríomhaireachta optamaithe chun na gnóthachain luais a thuairiscítear i bpáipéar Nature a chur ar fáil.

Chun a thuiscint cén fáth a bhfuil an luas tábhachtach anseo, smaoinigh ar an méid a chuireann anailís Bhayeseach ar fáil i ndáiríre. Filleann modh traidisiúnta crann aonair a fhaigheann an tacaíocht is láidre. Coinníonn tátal Bayesach go leor crann malartach agus taispeánann sé cé chomh neamhchinnte is atá a n-uainiú agus a ngaolmhaireachtaí fós. Is féidir le hanailísí tuairisciú ní hamháin gur dócha go bhfuil dhá bhraisle gaolmhar, ach freisin cé chomh muiníneach agus atá siad as an gconclúid sin. Tá an macántacht sin tábhachtach nuair a bhíonn cinntí sláinte poiblí ag brath ar cibé acu an bhfuil sinsear coiteann acu le déanaí nó ar tháinig siad isteach go neamhspleách. Ba é costas ríomhaireachtúil an comhbhabhtáil i gcónaí: fásann líon na gcruthanna crann a d’fhéadfadh a bheith ann go han-mhór de réir mar a mhéadaíonn líon na seicheamh, agus teastaíonn ritheanna fada agus breithiúnas speisialtóra ó ardáin seanbhunaithe amhail BEAST 2.

Tuairiscíonn na húdair gur phróiseáil Delphy tacar sonraí ionsamhlaithe de 100,000 seicheamh laistigh d’aon lá, agus gur chuir sé torthaí ar fáil a deir siad atá inchomparáide le hanailísí Bayeseacha seanbhunaithe (Nature). Níor atáirgeadh an tagarmharc sin go neamhspleách. Faoi láthair, tacaíonn Delphy le raon níos cúinge de shamhlacha daonra ná ardán ilchuspóireach amhail BEAST 2, rud a fhágann gur uirlis ráigeanna í a tógadh chuige sin seachas athsholáthar uilechoiteann don anailís éabhlóideach.

Ó ionsamhlúchán go ráig ghníomhach

Tá Delphy imithe níos faide ná tacair sonraí thástála. Déanann post ar Virological.org taifead ar thaighdeoirí a d’úsáid comhéadan gréasáin Delphy le linn ráig víreas Bundibugyo in 2026 i bPoblacht Dhaonlathach an Chongó agus in Uganda. Deimhníonn sé sin gur úsáideadh é i suíomh ina raibh ráig ar bun, cé nach bhfuil aon fhianaise ann go fóill gur athraigh sé cinneadh sonrach sláinte poiblí nó gur ghiorraigh sé idirghabháil.

Tá an dearadh brabhsálaí-bhunaithe ábhartha ó thaobh inrochtaineachta de. Deir an Broad Institute, a bhí lárnach san obair, gur cuid é seo den luach a bheartaítear do Delphy i bhfreagairt ar ráigeanna, rud a d’fhéadfadh cur ar chumas gníomhaireachtaí sláinte tús a chur le hanailís gan cnuasach ríomhaireachta ardfheidhmíochta. Níor socraíodh san imscrúdú cé acu a bhí sé ar fáil go poiblí, ná téarmaí an cheadúnaithe ná na riachtanais phraiticiúla chrua-earraí.

Ní féidir leis an luas ach oiread an méid a tharlaíonn sula sroicheann seichimh na bogearraí a leigheas. Léiríonn anailís ar leith ar Bundibugyo an réaltacht réamhtheachtach: b’éigean do thaighdeoirí asluitigh a bhaint a bhí mar thoradh ar earráidí seicheamhaithe agus ar dhátaí a taifeadadh go mícheart i measc 626 ghéanóm sula bhféadfaí aon chrann a thógáil. Ní féidir le hanailís níos tapúla sampláil mhoillithe, droch-chaighdeán seicheamh ná faireachas atá ar iarraidh a cheartú.

Léiríonn an toradh piarmheasúnaithe gur féidir atógáil Bayeseach ar ráigeanna a scálú i bhfad níos mó ná mar a léiríodh roimhe seo, ar a laghad i dtástálacha na n-údar. Is í an chéad fhianaise shuntasach eile ná an féidir le foirne ráige an luas sin a atáirgeadh le sonraí casta ón saol réadach agus an t-am a shábháiltear a úsáid chun bonn eolais a chur faoi chinneadh iarbhír.