Sonraí príobháideacha ag ardú OpenFold3 go 52.1%

Foghlaimíonn samhlacha intleachta saorga ó shamplaí. Dá mhéad samplaí ábhartha a fheiceann siad, is amhlaidh is fearr a éiríonn siad. Tá sé seo chomh fíor céanna maidir le tuar a dhéanamh ar an gcaoi a n-idirghníomhaíonn móilíní drugaí le próitéiní agus atá sé maidir le haghaidheanna a aithint nó téacs a aistriú. Is í an fhadhb atá ann ná go bhfuil cuid de na samplaí is ábhartha i ndearadh drugaí faoi ghlas i mbunachair sonraí cuideachtaí cógaisíochta, áit nach bhfeiceann aon chóras poiblí intleachta saorga iad.

Deir cuibhreannas de chúig ghnólacht — AbbVie, Astex Pharmaceuticals, Bristol Myers Squibb, Johnson & Johnson agus Takeda — gur aimsigh sé bealach chun an tsamhail a oiliúint go comhchoiteann ar na sonraí príobháideacha sin gan ar aon chuideachta a comhaid a nochtadh. De réir thagarmharc an chuibhreannais féin, d'fheidhmigh an tsamhail a d'eascair as seo i bhfad níos fearr ná an leagan tosaigh a bhí oilte ar shonraí poiblí. Ach níor foilsíodh an tsamhail, na sonraí tástála ná lámhscríbhinn phiarmheasúnaithe (Nature).

Samhail a mhúineadh gan na sonraí a chomhthiomsú

Ba é OpenFold3 Preview 2 an bhunsamhail, córas foinse oscailte a thuarann an chaoi a socraíonn próitéiní agus móilíní beaga atá cosúil le drugaí iad féin le chéile i dtrí thoise. Is féidir smaoineamh air mar chóras a thuarann cruth glais agus an chaoi a luíonn eochair ann (stór OpenFold3).

In ionad struchtúir na gcúig chuideachta a chumasc in aon bhunachar sonraí amháin, chuir gach gnólacht cóip den tsamhail faoi oiliúint go háitiúil ar a chuid sonraí féin. Níor comhroinneadh leis an gcomhordaitheoir lárnach ach na coigeartuithe uimhriúla a d'fhoghlaim an tsamhail le linn na hoiliúna, seachas na taifid mhóilíneacha bhunúsacha. Rinne Apheris, atá lonnaithe i mBeirlín, an comhordú seo a bhainistiú le creat oscailte foghlama cónasctha NVIDIA, agus chuir saotharlann Mohammed AlQuraishi in Ollscoil Columbia saineolas ar shamhlacha ar fáil. Tuairiscíonn an cuibhreannas gur úsáid sé 40 GPU NVIDIA H100 i gcúig thimpeallacht chorparáideacha ar leith (Apheris, Nature).

D'fhan na bunstruchtúir taobh thiar de bhallaí dóiteáin na gcuideachtaí. Níor fhoilsigh an cuibhreannas, áfach, fianaise fhoirmiúil nach bhféadfaí faisnéis faoi na sonraí oiliúna a nochtadh trí na nuashonruithe comhroinnte ar an tsamhail, riosca teoiriciúil aitheanta san fhoghlaim chónasctha.

An méid a chuir na struchtúir phríobháideacha leis

Chuir an cuibhreannas an tsamhail faoi oiliúint ar 20,167 struchtúr dílsithe de choimpléisc phróitéine agus drugaí agus rinne sé í a thástáil ar thacar príobháideach ar leith ina raibh 1,056 struchtúr (Apheris). Thomhais a phríomhtháscaire cé chomh minic a bhí socrú tuartha an druga agus na próitéine ag teacht go dlúth leis an socrú a breathnaíodh go turgnamhach. Bhain an tsamhail chónasctha scóir ardchaighdeáin amach i 52.1% de na cásanna tástála, i gcomparáid le 35.6% i gcás OpenFold3 bunaidh agus 40.9% i gcás Boltz-2, samhail oscailte cheannródaíoch eile (Apheris, Nature).

Níor bhain samhail rialaithe a cuireadh faoi oiliúint ar shonraí poiblí nuashonraithe amháin na feabhsuithe céanna amach. Dar leis an gcuibhreannas, is fianaise é sin gur chuir a struchtúir phríobháideacha faisnéis thuarthach ar fáil nach raibh sna taifid a bhí ar fáil go poiblí (Apheris).

Cén fáth a bhféadfadh sé sin a bheith amhlaidh? Tá an Banc Sonraí Próitéine poiblí ollmhór, ach léiríonn sé na próitéiní ar roghnaigh saotharlanna acadúla staidéar a dhéanamh orthu. Tugann an cuibhreannas agus tráchtairí seachtracha le fios gur gnách go mbíonn sraitheanna córasacha i mbailiúcháin chógaisíochta ina bpéireáiltear sprioc amháin le go leor drugaí iarrthacha gaolmhara, rud a thaifeadann go beacht na héagsúlachtaí caolchúiseacha sa cheangal a bhfuil tábhacht leo don dearadh (Nature, C&EN). Tuairiscíonn an cuibhreannas freisin gur fheidhmigh an tsamhail chónasctha níos fearr ná gach samhail de chuid cuideachta aonair, rud atá ag teacht leis an tuairim gur chuidigh sonraí ó ghnólachtaí éagsúla a chur le chéile.

An méid nach féidir le taighdeoirí seachtracha a fhíorú fós

Níor cuireadh aon lámhscríbhinn isteach. Níl socruithe uimhriúla foghlamtha na samhla, struchtúir an tagarmhairc ná na tuartha aonair ar fáil do thaighdeoirí seachtracha. Níor foilsíodh aon eatraimh mhuiníne ná tástálacha staitistiúla. Ba iad na heagraíochtaí céanna a thóg an córas a cheap agus a rinne measúnú ar an tagarmharc (Nature).

Tá sé seo tábhachtach, i bpáirt, mar gheall ar bhaol aitheanta. Léirigh obair an ghrúpa PoseBusters gur féidir le tuartha ó shamhlacha intleachta saorga eile maidir le struchtúir a bheith gar go geoiméadrach do struchtúr tagartha, agus adaimh á leagan amach acu ag an am céanna i socruithe atá dodhéanta go fisiciúil, amhail naisc ar uillinneacha nach dtarlaíonn i bhfíormhóilíní (PoseBusters). Ní fios an n-éiríonn le tuartha AISB sna seiceálacha sin.

Tomhaiseann an tagarmharc féin cé chomh maith agus a atógann an tsamhail socruithe turgnamhacha atá ar eolas cheana. Ní thomhaiseann sé an gcabhraíonn sé seo le comhdhúile a aithint a cheanglaíonn go hiarbhír lena sprioc i gcóras beo ná ní chruthaíonn sé go bhfuil siad sábháilte. Bíonn staidiúir cheangail thuartha chruinn úsáideach do cheimiceoir agus cinneadh á dhéanamh aige faoi na comhdhúile ar cheart imscrúdú breise a dhéanamh orthu, ach níor thuairiscigh an cuibhreannas aon toradh ina dhiaidh sin i ndearadh drugaí.

Léirigh tionscadal deich gcuideachta MELLODDY roimhe seo go bhféadfadh an fhoghlaim chónasctha tuartha ar airíonna móilíneacha a fheabhsú i measc iomaitheoirí cógaisíochta (MELLODDY). Leathnaíonn AISB an prionsabal sin chuig tuar struchtúr tríthoiseach. Is é an chéad rud eile a theastaíonn ón réimse ón gcuibhreannas seo ná lámhscríbhinn fhoilsithe agus dóthain sonraí is féidir a scrúdú chun gur féidir le taighdeoirí neamhspleácha a thástáil an seasann na feabhsuithe tuairiscithe nuair a dhéantar measúnú orthu lasmuigh de rialú an chuibhreannais.